在建設無菌實驗室的時候，應選擇堅固耐用、易于維修、清潔，并且能夠防止實驗樣品污染。同時為了防止實驗過程出現污染的情況，還應設置專用的人員通道運輸物料，同時還需要設置專門的通排風管路，傳遞窗，和專用門窗，以此來滿足無菌實驗室的各項需求。
無菌室應分為內間和外間，內間為無菌室，外間為緩沖室。
無菌實驗室的建設應按照相應的規范標準進行，保證人身安全、環境安全、實驗安全來進行。
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