實驗過程中會產生大量的廢液和廢物，對其妥善處理是必須的。實驗室污染物的一般處理原則為：分類收集、存放，分別集中處理。
實驗過程中產生的有害氣體可通過通風櫥排出，或者經過凈化、噴淋塔等裝置處理后排出。
實驗室的廢水根據其特點可分為兩大類，即無機廢水和有機廢水。無機廢液需先收集到塑料回收桶內，有機廢液則需要先收集于廢液瓶內，經過處理后按照規定排放。
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