對于PCR實驗室設計而言，必須掌握7條注意事項，主要體現在：主體結構、標準的三區分隔和氣壓調節、消毒、機械連鎖不銹鋼傳遞窗、地面、照明、樣本處理區，下文對此會予以詳細介紹。
1、主體結構
PCR實驗室設計的主體材料為彩鋼板、鋁合金，為了解決積灰、積塵問題，實驗室內的所有陰角、陽角都必須采用鋁合金50內圓角鋁。此外，設計方面還要做到線條簡明、美觀大方，同時兼顧結構牢固、密封性好。
2、標準的三區分隔和氣壓調節
所謂標準的三區分隔，就是指在PCR實驗室設計時把其劃分為試劑準備、標本制備、PCR擴增檢測這3個獨立區域。要有1條整體緩沖走廊來連接3個獨立區域，且每個獨立區域都有專門的緩沖區。
所謂氣壓調節，就是實驗室內的空氣氣壓的調節，這樣可以避免實驗中的樣品污染，也能降低擴增產物對人員和環境的污染。那么，如何進行氣壓調節呢？可以打開緩沖區Ⅰ、Ⅱ和 PCR 擴增區的排風扇往外排氣，并在實驗區墻上和各扇門上都安裝有風量可調的回風口。
3、消毒
在上文介紹的3個獨立區域、緩沖區頂部與傳送窗內部都必須安設用于消毒的紫外燈。此外，在試劑準備區、標本制備區還要安設移動紫外線燈，以便對實驗桌進行局部消毒。
4、機械連鎖不銹鋼傳遞窗
不銹鋼傳遞窗有機械連鎖、電子連鎖兩種，建議在PCR實驗室設計時采用前者。這樣，能有效確保試劑和標本通過傳遞窗時不受污染。
5、地面
為了地面的整體性，以及耐腐蝕、易清潔，建議選擇自流坪地坪或PVC地坪。如果預算有限，建議選擇水磨石地坪或大塊的瓷磚。
6、照明
PCR實驗室內必須使用凈化燈具，因為這類燈具不積塵、易清潔。安裝凈化燈具要注意2點，即：規范的安裝流程和全面的服務流程、嚴格按照規范科學設計的安裝流程。
7、樣本處理區
PCR實驗室的樣本處理區要劃分為4個部分，即：試劑配制區、樣品處理區、核酸擴增區、產物分析區。如使用全自動分析儀，區域可適當合并。
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